一、下發本公告的背景
自2004年起實行的海關進口增值稅專用繳款書（以下簡稱海關繳款書）“先抵扣后比對”管理辦法，有力打擊了利用虛假海關繳款書騙抵稅款的違法活動。但近年來，不法分子利用海關繳款書“先抵扣后比對”管理的時間差，使用虛假海關繳款書騙抵稅款的案件時有發生。為堵塞稅收管理漏洞，稅務總局與海關總署自2009年4月起在河北、河南、廣東、深圳等四省市試行了海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法。試點以來，成效明顯。稅務總局與海關總署決定自2013年7月1日起在全國推行。
二、海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的主要內容
自2013年7月1日起，增值稅一般納稅人（以下簡稱納稅人）進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關繳款書，需經稅務機關稽核比對相符后，其增值稅額方能作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。
三、海關繳款書的抵扣期限規定
納稅人進口貨物取得的屬于增值稅抵扣范圍的繳款書，應按照《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）規定，自開具之日起180天內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》（電子數據）申請稽核比對，逾期未申請的其進項稅額不予抵扣。
四、海關繳款書稽核比對的流程和稽核比對結果分類
稅務機關通過稽核系統將納稅人申請稽核的海關繳款書數據，按日與進口增值稅入庫數據進行稽核比對，每個月為一個稽核期。海關繳款書開具當月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月、次月及第三個月。海關繳款書開具次月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月及次月。海關繳款書開具次月以后申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月。
稽核比對結果分為相符、不符、滯留、缺聯、重號五種。
相符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼一致，并且比對的相關數據也均相同。
不符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼一致，但比對的相關數據有一項或多項不同。
滯留，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期內系統中暫無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼，留待下期繼續比對。
缺聯，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期結束時系統中仍無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼。
重號，是指兩個或兩個以上的納稅人申請稽核同一份海關繳款書，并且比對的相關數據與海關已核銷海關繳款書數據相同。
五、納稅人取得稽核比對結果的時間和申報抵扣的期限規定
稅務機關于每月納稅申報期內，向納稅人提供上月稽核比對結果，納稅人應向主管稅務機關查詢稽核比對結果信息。
對稽核比對結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核結果的當月納稅申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
六、稽核比對結果異常的處理
稽核比對結果異常，是指稽核比對結果為不符、缺聯、重號、滯留。
（一）對于稽核比對結果為不符、缺聯的海關繳款書，納稅人應于產生稽核結果的180日內，持海關繳款書原件向主管稅務機關申請數據修改或者核對，逾期的其進項稅額不予抵扣。屬于納稅人數據采集錯誤的，數據修改后再次進行稽核比對；不屬于數據采集錯誤的，納稅人可向主管稅務機關申請數據核對，主管稅務機關會同海關組織核查。經核查，海關繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業務一致的，納稅人應在收到主管稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
（二）對于稽核比對結果為重號的海關繳款書，由主管稅務機關會同海關組織核查。經核查，海關繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業務一致的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
（三）對于稽核比對結果為滯留的海關繳款書，可繼續參與稽核比對，納稅人不需申請數據核對。
七、相應的會計處理
納稅人應在“應交稅金”科目下設“待抵扣進項稅額”明細科目，用于核算已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額。納稅人取得海關繳款書后，應借記“應交稅金—待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關科目；稽核比對相符以及核查后允許抵扣的，應借記“應交稅金—應交增值稅（進項稅額）”專欄，貸記“應交稅金—待抵扣進項稅額”科目。經核查不得抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅金—待抵扣進項稅額”，紅字貸記相關科目。
八、增值稅納稅申報表及稅務機關“一窗式”比對項目的調整
（一）自2013年7月1日起，納稅人已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額填入《增值稅納稅申報表》（一般納稅人適用）附表二“待抵扣進項稅額”中的“海關進口增值稅專用繳款書”欄。
（二）自2013年8月1日起，海關繳款書“一窗式”比對項目調整為：核對《增值稅納稅申報表》（一般納稅人適用）附表二第5欄稅額是否等于或小于稽核系統比對相符和核查后允許抵扣的海關繳款書進項稅額。