第四十九條　企業(yè)之間支付的管理費、企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的利息，不得扣除。
　　「釋義」　本條是關于企業(yè)發(fā)生的一些特殊費用不準扣除的規(guī)定。
　　本條的內(nèi)容是條例新增的規(guī)定，原內(nèi)資、外資稅法對此均未作直接規(guī)定。本條規(guī)定的不得扣除費用包括。
　　一、企業(yè)之間支付的管理費
　　原外資稅法規(guī)定，企業(yè)不得列支向其關聯(lián)企業(yè)支付的管理費。本條改變了原外資稅法的規(guī)定，明確規(guī)定，企業(yè)無論是接受關聯(lián)方還是非關聯(lián)方提供的管理或其他形式的管理服務而發(fā)生的管理費，不得扣除?，F(xiàn)行市場經(jīng)營活動中，企業(yè)之間的分工日益精細化和專門化、專業(yè)化，從節(jié)約企業(yè)成本角度等考慮，對于企業(yè)的特定生產(chǎn)經(jīng)營活動，委托其他企業(yè)或者個人來完成，較之企業(yè)自己去完成，可能更為節(jié)約，所以就出現(xiàn)了企業(yè)之間提供管理或者其他形式的服務這種現(xiàn)象。但是企業(yè)之間支付的管理費，既有總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于企業(yè)所得稅法采取法人所得稅，對總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構自動匯總得到解決。對屬于不同獨立法人的母子公司之間，確實發(fā)生提供管理服務的管理費，應按照獨立企業(yè)之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業(yè)正常的勞務費用進行稅務處理，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除，以避免重復扣除。
　　二、企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的租金和特許權使用費
　　過去，內(nèi)資企業(yè)基本納稅實體界定上遵循獨立核算標準，將企業(yè)內(nèi)部能夠獨立核算的營業(yè)機構或者分支機構作為獨立納稅人處理，為準確反映企業(yè)不同營業(yè)機構的應納稅所得額，對內(nèi)部提供管理服務、融通資金、調(diào)劑資產(chǎn)等內(nèi)部往來活動一般需要按照獨立交易原則處理，分別確認應稅收入和費用。企業(yè)內(nèi)部營業(yè)機構屬于企業(yè)的組成部分，不是一個對外獨立的實體，根據(jù)企業(yè)所得稅法匯總納稅的規(guī)定，它不是一個獨立的納稅人，而應由企業(yè)總機構統(tǒng)一代表企業(yè)來進行匯總納稅。實踐中，企業(yè)出于管理和生產(chǎn)經(jīng)營等因素的需要，可能采取相對獨立的內(nèi)部營業(yè)機構管理，內(nèi)部營業(yè)機構在企業(yè)內(nèi)部具有相對獨立的資產(chǎn)、經(jīng)營范圍等，這就可能使這些內(nèi)部營業(yè)機構之間可能發(fā)生類似于獨立企業(yè)之間進行的所謂融通資金、調(diào)劑資產(chǎn)和提供經(jīng)營管理等服務，但是企業(yè)內(nèi)部營業(yè)機構之間進行的這類業(yè)務活動，屬于內(nèi)部業(yè)務活動，雖然在不同內(nèi)部營業(yè)機構之間，可能也有某種賬面記錄，也區(qū)分不同內(nèi)部營業(yè)機構之間的收入、支出等等，但是在繳納企業(yè)所得稅時，由于它們不是獨立的納稅人，需由企業(yè)匯總納稅，所以對于這些內(nèi)部業(yè)務往來所產(chǎn)生的費用，均不計入收入和作為費用扣除。
　　三、非銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的利息
　　與企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的租金和特許權使用費不得扣除的理由類同，非銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間的資金拆借行為，本身是同一法人內(nèi)部的交易行為，其發(fā)生的資金流動，不宜作為收入和費用體現(xiàn)；另外，由于企業(yè)內(nèi)各營業(yè)機構不是獨立的納稅人，而且企業(yè)所得稅法實行法人所得稅，要求同一法人的各分支機構匯總納稅，即取得利息收入的營業(yè)機構作為收入，支付利息的營業(yè)機構作為費用，匯總納稅時相互抵消，在稅前計入收入或者扣除沒有實際意義。但是，需要注意的是，這部分不得扣除的費用，不包括銀行企業(yè)內(nèi)部營業(yè)機構之間支付的利息，這主要考慮到銀行企業(yè)內(nèi)部營業(yè)機構主要從事的就是資金拆借行為，其成本和費用的支出，主要就體現(xiàn)為利息，如果不允許銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的利息扣除，對各銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構的會計賬務、業(yè)績等都無法如實準確反映，且由于實行法人匯總納稅后，準許銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構之間支付的利息扣除，相應獲取這部分利息的其他銀行企業(yè)內(nèi)營業(yè)機構就將這部分利息作為收入，兩者相抵，并不影響企業(yè)的應納稅總額，國家的稅收利益不會受到影響。
　　第五十條　非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構、場所，就其中國境外總機構發(fā)生的與該機構、場所生產(chǎn)經(jīng)營有關的費用，能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據(jù)和方法等證明文件，并合理分攤的，準予扣除。
　　「釋義」　本條是關于非居民企業(yè)總分機構之間有關費用的扣除規(guī)定。
　　非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構、場所要取得某種收入，往往需要其在中國境外的總機構提供某種管理或者其他生產(chǎn)經(jīng)營方面上的支撐服務，有些費用支出可能是通過總機構或者由總機構所負擔的，雖然企業(yè)所得稅法實行的是法人稅制，但是根據(jù)企業(yè)所得稅法第三條的規(guī)定，在中國境內(nèi)設立機構、場所的非居民企業(yè)在中國只負有限的納稅義務，就其在中國境內(nèi)所設立的機構、場所獲取的來源于中國境內(nèi)的所得和來源于境外但與所設機構、場所有實際聯(lián)系的所得納稅，若不允許非居民企業(yè)在中國境內(nèi)所設機構、場所分攤其在中國境外總機構所發(fā)生的有關費用，可能會出現(xiàn)這些機構、場所的特定生產(chǎn)經(jīng)營活動的費用支出無法得以體現(xiàn)，也不符合收入與支出的配比原則，所以原外資稅法實施細則規(guī)定，外國企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構、場所，向其總機構支付的同本機構、場所生產(chǎn)、經(jīng)營有關的合理的管理費，應當提供總機構出具的管理費匯集范圍、總額、分攤依據(jù)和方法的證明文件，并附有注冊會計師的查證報告，經(jīng)當?shù)囟悇諜C關審核同意后，準予列支；外商投資企業(yè)應當向其分支機構合理分攤與其生產(chǎn)、經(jīng)營有關的管理費。本條沿襲了原外資稅法實施細則的規(guī)定，允許非居民企業(yè)向其在中國境內(nèi)設立的機構、場所分攤有關費用，但必須滿足以下幾個要求。
　　一、所分攤的費用必須是由中國境外總機構所負擔，且與其在中國境內(nèi)設立的機構、場所生產(chǎn)經(jīng)營有關。即，首先這部分允許分攤的費用，必須是由非居民企業(yè)在中國境外的總機構所負擔，且這部分費用是與其在中國境內(nèi)設立的機構、場所的生產(chǎn)經(jīng)營有關，否則不得作為本條規(guī)定的分攤費用。
　　二、在中國境內(nèi)設立的機構、場所能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據(jù)和方法等證明文件。
　　這主要是考慮到，基于稅收管轄權上的局限性以及稅務機關征管能力的局限性等，若沒有非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構、場所的協(xié)助，中國的稅務機關可能無法掌握總分機構之間的費用往來情況，所以有必要規(guī)定非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構、場所有提供證明文件的義務。
　　三、有關費用必須是合理分攤的，才準予扣除。
　　這是企業(yè)所得稅稅前扣除中收入與支出配比原則基本要求，若存在證據(jù)表明總機構分攤給中國境內(nèi)分支機構的有關費用不合理的，或者通過亂攤費用，以獲取某種非法稅收利益的，將不允許扣除這些費用。