第四十條　企業發生的職工福利費支出，不超過工資薪金總額14％的部分，準予扣除。
　　「釋義」本條是關于職工福利費支出的扣除規定。
　　原內資企業所得稅規定，職工福利費按照計稅工資總額的14％計算扣除。原外資企業所得稅規定，企業支付給職工的工資和福利費，應當報送其支付標準和所依據的文件和有關材料，經當地稅務機關審核同意后，準予列支。同時明確，外商投資企業和外國企業按照國務院及各地政府規定，為其提存的醫療保險基金、住房公積金、退休保險基金三項基金外，可根據現行財務會計制度規定的標準，計提職工教育經費、工會經費。除此之外，企業不得在稅前預提其他職工福利類費用。企業實際發生的不屬于上述五項預提基金或經費開支范圍內的其他職工福利類支出，可按實際發生數在當年度稅前扣除。但當年度稅前扣除的此類費用，不得超過企業全年職工稅前列支工資總額的14％，超過部分不得在稅前扣除。原內、外資企業職工福利費支出稅前扣除政策不同，是造成內資企業稅負高于外資企業的一個重要原因。為了公平稅負，企業所得稅法統一了內、外資企業的稅前扣除政策，包括職工福利費方面的稅前扣除政策。本條進一步明確了，包括內、外資企業在內的所有納稅人的職工福利費支出，不超過工資、薪金總額14％的部分，準予扣除。雖然扣除比例與原內、外資稅法一致，但作為扣除基準的“計稅工資”已改為“工資、薪金總額”，實際上已經提高了扣除限額。在條例草案中，對職工福利費支出的扣除方面，是準予據實扣除，沒有標準限制。在條例草案的征求意見過程中，有不少意見認為，對職工福利費支出，應實行限額扣除制度，如將標準限定在年工資總額的一定比例，防止部分企業利用給職工搞福利之名而侵蝕稅基。考慮到職工福利有利于使職工享受到更高質量和更多數量的實惠，有利于提高職工的生活水平和生活質量，而且工資、薪金總額14％的比例，也符合一般企業福利費支出的總額要求，所以本條對職工福利費的扣除，作了工資、薪金14％的限制。
　　另外，本條刪除了條例草案中對職工福利費的支出范圍所作的原則性限制規定，與原內、外資稅法規定的職工福利費支出扣除政策統一。這主要是考慮到在條例中無法明確界定職工福利費的支出范圍，無論如何列舉，都無法窮盡，而且從整個法律體系的框架來看，也不宜在條例中直接規定職工福利費的支出范圍，而宜留待部門規章去處理。所以，本條對職工福利費的支出范圍沒有作具體規定。
　　第四十一條　企業撥繳的職工工會經費，不超過工資、薪金總額2％的部分，準予扣除。
　　「釋義」本條是關于職工工會經費支出的扣除規定。
　　原內資稅法規定，企業的職工工會經費，在計稅工資總額2％以內的部分，準予稅前扣除。由于本條例對工資、薪金支出實行據實扣除制度，同時與《工會法》的有關規定銜接，本條明確了職工工會經費支出，不超過工資、薪金總額2％的部分，準予扣除。
　　根據《工會法》的規定，在中國境內的企業、事業單位中以工資收入為主要生活來源的體力勞動者和腦力勞動者，不分民族、種族、性別、職業、宗教信仰、教育程度，都有依法參加和組織工會的權利。同時，《工會法》對工會的職責、設立、組織機構、權利、義務等都作了全面而詳細的規定，并對工會經費的來源、支出、管理等也作了全面規定。《工會法》第四十二條規定，工會經費主要用于為職工服務和工會活動，其來源包括，工會會員繳納的會費；建立工會組織的企業、事業單位、機關按每月全部職工工資總額的2％向工會撥繳的經費；工會所屬的企業、事業單位上繳的收入；人民政府的補助；其他收入。其中，對于企業、事業單位按每月全部職工工資總額的2％向工會撥繳的經費，在稅前列支。本條規定的扣除基準是職工工資、薪金總額，雖然與《工會法》所用的扣除基準“工資總額”用語上有所差異，其所表述的實際內容是一致的，是指企業支付給所有與本企業有勞動關系的人員的工資性支出，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資，以及與任職或者受雇有關的其他支出的總額。
　　第四十二條　除國務院財政、稅務主管部門另有規定外，企業發生的職工教育經費支出，不超過工資、薪金總額2.5％的部分，準予扣除；超過部分，準予在以后納稅年度結轉扣除。
　　「釋義」本條是關于企業發生的職工教育經費支出的扣除規定。
　　原內資稅法規定，納稅人的職工教育經費，在計稅工資總額1.5％以內的部分，準予稅前扣除。原外資企業所得稅規定，外商投資企業和外國企業按照國務院及各地政府規定，為其提存的醫療保險基金、住房公積金、退休保險基金三項基金外，可根據現行財務會計制度規定的標準，計提職工教育經費。為鼓勵技術創新，提高勞動力的職業素質，《國家中長期科技規劃》規定，企業實際發生的職工教育經費支出，按照職工工資總額2.5%計入企業的成本費用。實施條例為與《國家中長期科技規劃》有關規定保持一致，支持技術創新，對職工教育經費的稅前扣除作了調整。本條在將扣除基準從“計稅工資”變為“據實工資”的基礎上，將職工教育經費的當期稅前扣除標準提高到2.5％，且對于超過標準的部分，允許無限制的往以后的納稅年度結轉，并將其擴大統一適用于所有納稅人，包括內資企業和外資企業。條例草案中，并不允許超過工資、薪金總額2.5％的部分往以后納稅年度結轉。有不少意見主張，應適當提高扣除比例，以鼓勵企業加大教育投入，或者增加規定應允許超過標準的部分往以后納稅年度結轉，以鼓勵企業加大對職工的教育投入，從而有利于引進國外的先進技術及管理經驗，有利于促進企業的技術創新。條例最后采納了后一種意見，在維持條例草案扣除標準不變的情況下，增加規定了超過規定標準的部分，準予往以后納稅年度無限制結轉，這就實際上是允許企業發生的職工教育經費支出準予全額扣除，只是在扣除時間上作了相應遞延。
　　這里的職工教育經費支出，是指企業為提高其職工工作技能，為企業帶來更多的經濟利益流入，而通過各種形式提升職工素質，提高職工工作能力等方面的教育所發生的教育費支出，具體的范圍有國務院財政、稅務主管部門再具體認定。另外，在理解職工教育經費支出的扣除規定時，我們注意到本條規定的扣除，給了國務院財政、稅務主管部門一個授權的例外規定，這主要是考慮到目前職工教育經費名目繁多，實踐形態多樣，管理難以統一化和機械化，而且可能需要根據不同的企業實際情況，作出不同的規定，如對于有些企業，只允許工資、薪金總額2.5％的部分予以當期扣除，可能無法滿足其需要，有必要對此作出特殊規定，所以通過本條的授權，就可以解決上述可能存在的當期不足扣除的問題；當然對于特定情形下的企業，國務院財政、稅務主管部門也可以根據本條的授權，規定當期扣除比例低于工資、薪金總額的2.5％，或者規定超過標準的部分，不允許往以后納稅年度結轉。